式年御柱祭は７年目ごとに、卯と酉の年に行われます。かつては社殿の建て替えと、社殿の四隅に「御柱」と呼ばれるモミの巨木を曳建てる神事でした。現在は社殿の建て替えは行わず、遷座祭が執り行われています。
御柱祭の起源ははっきりしませんが、縁起によると白鳳２年（673）に、卯年と酉年に正遷宮祭と御柱祭を式年祭として執り行うことが定められたとされます。
寿永年間（1182～1183）源義仲が源氏再興を願って矢彦神社に先勝祈願を行い、倶利伽藍峠で勝利をおさめたことから、宮材を木曽山林から伐り出して社殿を造営し、祈願成就のお礼参りをしました。これが式年造営材を木曽山林から出材する始まりとされ、その後この出材は尾張徳川家に引き継がれ、約700年間続けられました。
昭和38年以後は式年ごとの造営はとりやめ、正遷座祭のみ執り行っています。御柱祭は現在に至るまで氏子の奉仕により催行されています。
